五个结合
全国碳交易体系设计要注重总量刚性与结构柔性相结合、历史法和标杆法相结合、免费分配和有偿拍卖相结合、事前分配和事后调节相结合、存量从严与增量从优相结合。
首先，总量刚性与结构柔性相结合。碳交易体系是为了实现既定的减排目标，所以，总量必须是刚性的，一旦确定就不能随意更改。但为了平衡经济增长和减少碳排放，必须为企业新增产能留下一定的排放空间，也为碳市场的异常波动留下政府调控的手段，因此，需要把配额在结构上分为企业初始配额、新增预留配额和政府预留配额三部分，三者之间的比例可根据实际情况进行一定范围内的调整，期末多余的配额应该予以撤销。
其次，历史法和标杆法相结合、免费分配和有偿拍卖相结合、事前分配和事后调节相结合、存量从严与增量从优相结合。在中国现有条件下，必须从现实出发，在配额分配这一企业最利益攸关和敏感的核心问题上进行上述“四结合”。随着条件的成熟，特别是基础数据的质量不断提高和完备、企业减排能力的不断加强和制度方法的不断完善，可以逐步向完全标杆法、完全有偿分配以及事前一次性分配过渡，存量和增量也一视同仁。
六大挑战
全国碳交易市场设计要应对经济增长不稳定、MRV不统一、配额不紧、流动性不强、控排企业能力不够和地方政府不支持等六个方面的挑战，在政策设计过程中必须予以高度重视并加以妥善处理。
第一，经济增长不稳定。“三期叠加”是当前我国经济的阶段性特征，加上世界经济还处于深度调整之中，使我国经济发展的内外环境更趋复杂，经济增长很不稳定。如果没有把握这种阶段性特征，对经济形势发生误判，总量设定和配额分配就可能出现偏差。因此，在碳交易市场制度设计中一方面要对经济形势有清晰的预判，另一方面要有完善的事后调整机制，以便及时纠偏。
第二，MRV不统一。核查数据的准确性是碳市场成败的基石，不同核查机构之间、同一核查机构的不同核查人员之间对核查指南的理解、把握和执行参差不齐，很容易导致核查标准的不统一，从而影响数据的准确性。因此全国MRV体系建设需要在人员、方法、流程、审查、监督等方面予以考虑，确保MRV标准统一。
第三，配额不紧。碳交易市场往往具有内在的配额偏松的倾向性，特别是基于历史法实行配额免费分配时，政府和企业、中央和地方博弈的结果往往是配额分配偏多，这对市场是致命的，而且政府很难再从企业手上收回已发放的配额。若配额偏紧，政府可以动用新增预留和政府预留进行市场调节，从而在工作中掌握主动。
第四，市场流动性不强。市场流动性是反映市场运行好坏的重要指标之一，如果市场流动性不强，就不能通过供求的相互作用形成有效的价格信号，就无法引导和改变企业的决策和投资行为，就无法实现碳交易市场以成本效率的方式实现节能减排这一根本目的。因此，在政策设计中要注重提高市场流动性，如市场准入要开放多元、信息要公开透明、配额分配适度从紧、履约机制要灵活多样等。
第五，控排企业能力不够。作为碳交易市场最重要的参与主体，控排企业如果不熟悉碳交易市场的基本原理和制度规则，就不会主动开展碳资产管理，而是消极被动地去应付，结果可能以更高的成本进行节能减排，这就背离了建立碳交易市场的初衷。因此，全国碳市场建设需要加强控排企业能力建设与培训。
第六，地方政府不支持。全国碳市场建设是一个全局性的工作，需地方政府积极支持与密切配合。因此，在政策设计中必须考虑如何分权让利给地方政府以调动其积极性。
