国家金融与发展实验室成立后，变革“指挥棒”，从学术导向转向问题导向，从偏重理论和方法转向注重政策和操作；变革治理机制，从主要遵从学者个人学术选择，转向组织目标、集体行为；变革机构功能，从兼顾培养人才和使用人才，转向致力于罗致人才、因才施用。
健全制度，完善组织架构。实验室就科研、人事、信息、会议、财务等方面先后制定了22项管理规章，形成《国家金融与发展实验室制度汇编》。实验室实行理事会领导下的主任负责制，采取扁平化的组织架构，理事会和学术委员会下设室务委员会。
重视科研创新与人才激励。实验室选择“有领军人物，有鲜明特色，并达到国内领先水平”的研究领域，形成“铁打的营盘”，并确定适当的二级机构稳定承载其功能。
选好核心专家、多种形式聚合专业人才、培养青年研究人员，是智库人才战略最关键的三个方面。对于核心专家来说，名气大、学术功底深固然重要，但是更需要关心且熟悉现实问题的“接地气”者。对于青年学者，有突出表现者除了给予奖励外，实验室还会根据需要为其招聘助理研究员，甚至成立专门研究中心。
建立健全科研工作机制。实验室形成科研例会制度，集中讨论近期经济金融领域需要关注的问题。召开智库论坛，邀请决策部门、监管当局、金融机构资深从业人员集思广益，并迅速总结出对策要点，报送国家高端智库理事会及相关决策部门。
